二格山自然中心海拔225~496公尺,屬低海拔山區,創辦之前,這塊土地20多年來沒有人為開發,保留了相當原始豐富的生態景觀與人文遺跡。目前記錄到的鳥類有21科63種、昆蟲300多種、兩棲爬蟲類29種、哺乳類16種、維管束植物323種、蕨類73種,並有白鼻心、穿山甲、台灣彌猴、山羌等保育類動物在此悠遊,連中海拔的鳥類、冰河時期孑遺植物都以此為家,為繽紛多采的中心再添迷人風情。
人文采風方面,中心園區野生大菁遍生、樟樹繁茂、茶香漫溢,娓娓訴說早期先民在藍染、樟腦、茶業產業上的風華,而屹立三百年的茄苳老樹,以及斑駁的古道、土地公廟、古樸的水圳、梯田,則見證了這百年來先民與這片土地互動的歷史軌跡。